Seorang penyendiri di sekolah menengah atas diberi pekerjaan paruh waktu seumur hidup sebagai ninja modern yang ditugaskan untuk melakukan pembunuhan internasional.
Setelah Perang Dunia II, Komando Sekutu di Jepang mengembangkan sebuah badan baru untuk membantu menangani terorisme dan kekerasan di wilayah Pasifik. Badan ini beranggotakan para ninja dan pada awalnya ditugaskan untuk menangani urusan dalam negeri. Pada akhirnya, program tersebut berkembang menjadi bentuknya yang sekarang, dengan 20.000 ninja yang menangani berbagai urusan domestik dan internasional. Salah satu ninja tersebut adalah Kudo. Pecundang berusia tujuh belas tahun di sekolah menengah atas ini sekarang siap untuk menjadi garis pertahanan berikutnya terhadap potensi lonjakan pembunuh asing yang menyerang Tokyo.
